Même situation. J’ai recherché sur une dizaine de PA et sur les sites de comparatif de PA, mais lorsqu’ils parlent de « multi-activité », en fait, ils sous-entendent « multi-entité », donc plusieurs SIRET…
Très désagréable d’être un cas qui n’existe pas.
J’ai pensé à avoir 2 plateformes aussi, mais je me doutais du hic à la reconnaissance de la PA par l’État. Effectivement, les clients (la PA) ne sauront pas à quelle plateforme envoyer les factures, car l’identifiant unique des entreprises par les PA est le SIRET. Comme son nom l’indique, c’est un identifiant UNIQUE. C’est grâce à cela que c’est un identifiant. Impossible de faire un doublon dans la base de données de l’État sur un identifiant unique (j’ai été informaticienne dans une autre vie, donc je peux vous le garantir).
J’ai un statut juridique unique (EI) donc un seul SIRET, et deux activités dessus : commerçante en micro-BIC (code NAF 5811z), et artiste-auteur en micro-BNC (code NAF 9003A et 9003B). Comme les deux activités sont bien distinctes, j’ai l’obligation comptable de séparer leur comptabilité. Ce qui n’est pas possible encore sur une seule PA à ce que j’ai vu.
Actuellement, je me tâte même pour supprimer une de mes deux activités (le comble). Devoir restreindre son élan d’entreprendre à cause de l’informatique qui ne sais pas gérer ce que l’humain gérait parfaitement avant…
Je vais poser la question à ma CCI. J’ai déjà posé la question à deux associations d’artiste-auteur (a Charte et SNAPcgt). Je vous redis ce qu’on m’aura retourné comme info.
D’un point de vue BDD, Base De Données, c’est assez simple à résoudre.
Il suffit de créer un champ « nature_activite », par défaut rempli par le code APE (Code NAF principal). Et ainsi, les entrepreneurs qui ont plusieurs activités par nature pourraient créer une nouvelle entrée dans la BDD : « SIRET » + « nature_activite », ce qui permettrait au choix, soit que la PA puisse rediriger les clients vers la bonne cible (le bon SIRET ET la bonne nature d’activité), et ainsi permettre aux entrepreneurs que nous sommes de créer deux comptes sur deux plateformes différentes. Soit toujours d’envoyer les factures clients à la bonne cible, et en plus, en gestion séparée sur la même PA (le must).
Je pense qu’Abby pourrait facilement rafler des part de marché en étant le premier à prendre en compte la multi-activité (1 SIRET, plusieurs activités SÉPARÉES en compta). Si vous êtes-là, Abby, ce serait quelque chose à faire 
Pour info, les artiste-auteurs sont TRÈS nombreux à cumuler les natures d’activité. Nous sommes 350 000 !
Et j’imagine que nous ne sommes pas les seuls à avoir plusieurs natures d’activité 
Merci à vous de faire le nécessaire, peut-être en remontant cette problématique plus haut à l’État, car tant que la BDD n’a pas été adaptée pour ce cas de figure, vous ne pouvez rien mettre en place de votre côté, j’en ai bien conscience.
J’invite tous ceux dont c’est le cas de contacter leur CCI et leur député pour faire remonter cette information. Plus on est nombreux et plus rapidement cette situation sera corrigée.